L'enseignement est assuré au sein de départements, chaque département correspond à une spécialité. Il existe actuellement 24 spécialités en France, dont 7 sont enseignées à l'I.U.T. de Marseille au sein de 8 départements répartis sur les sites de Marseille Saint Jérôme et Salon de Provence.
Site de Marseille St Jérôme
Département Chimie [CH]
Département Génie Chimique - Génie des Procédés [GCGP]
Département Génie Électrique et Informatique Industrielle [GEM]
Département Génie Thermique et Énergie [GTE]
Département Gestion des Entreprises et Administrations [GEA]
Département Mesures Physiques [MP]
Techniques de Commercialisation [TC]
Site de Salon de Provence
Département Génie Électrique et Informatique Industrielle [GES]